Araştırmacılar, çoğullanmış doku görüntüleme verilerinin analizi için yeni bir yazılım geliştirdi

Profesör Francesca Ciccarelli liderliğindeki King’s College London Schools of Cancer & Farmasötik Bilimler ve İmmünoloji ve Mikrobiyal Bilimler ile Francis Crick Enstitüsündeki Kanser Sistemleri Biyoloji laboratuvarından bir araştırmacı ekibi, kompleks analizi için yeni bir yazılım sergileyen yeni bir makale yayınladı.

SIMPLI ile elde edilen bir insan kolorektal kanserinin IMC görüntüsü. Daire içine alınmış, yüksek yoğunluklu sitotoksik CD8 T hücreleri ve antijene duyarlı makrofajların bulunduğu bir bölgedir. Macenta = tümör; kırmızı = CD8; camgöbeği = B2M; yeşil = CD68; mavi = CD74. Kredi bilgileri: Lucia Montorsi

Yakın zamanda geliştirilen çoğullanmış görüntüleme teknolojileri, bu tür görüntüleme kitle sitometrisi (IMC), hastalığın doku düzeyindeki özelliklerinin haritalanması ve doku ortamına bağlı tedavilerin sonucunun tahmin edilmesi için özellikle değerli olan doku hücresi kompozisyonunun ayrıntılı araştırılmasını sağlıyor. Bu teknikler genellikle analiz edilmesi zor olan ve çoğu zaman birden fazla araç ve hesaplama uzmanlığına sahip kullanıcılar gerektiren büyük miktarlarda yüksek boyutlu veriler üretir.

SIMPLI (Single-cell Identification from MultiPlexed Images), çoğullanmış görüntüleme verisi analizinin tüm adımlarını birleştiren ve uzman olmayanlar için de yüksek boyutlu görüntüleme veri analizine gelişmiş bir alternatif sağlayan esnek bir yazılımdır . SIMPLI, hücre düzeyinde saptanamayan özellikleri araştırmak için her doku slaydının uzamsal olarak çözümlenmiş, tek hücreli analizinin yanı sıra hücreden bağımsız işaretleyici ekspresyon nicelemelerini gerçekleştirir. Ayrıca, analizin her adımında sonuçların görsel olarak incelenmesini kolaylaştıran tablo ve grafik çıktılar üretir.

Prof. Francesca Ciccarelli “Birkaç yıl önce yüksek boyutlu IMC verileriyle çalışmaya başladığımızda, analizleri için çok fazla araç yoktu. Doktora öğrencisi Michele Bortolomeazzi’nin yeteneği sayesinde kendi aracımızı geliştirmek çok eğlenceliydi. CRUK KHP Merkezi tarafından finanse edilen ve Profesör Jo Spencer’ın doku histolojisindeki engin uzmanlığından yararlanan öğrenci,” dedi.

SIMPLI’nin performansını ve çok yönlülüğünü test etmek için araştırmacılar, IMC dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere farklı görüntüleme teknolojileriyle elde edilen ve köken, boyut ve çözünürlük açısından farklı olan görüntüleri analiz ettiler.

King’s College London, Avrupa’da BRC Akış Sitometri Platformunda bulunan bir Helios görüntüleme kütle sitometresine ev sahipliği yapan ilk Kurumlardan biri olmuştur.

Yorum Yaz

%d blogcu bunu beğendi: